Organem zarządzającym Szpitalem jest Dyrektor Szpitala.
Dyrektor kieruje Szpitalem i reprezentuje go na zewnątrz.
Do dokonywania czynności prawnych jednoosobowo w imieniu Szpitala upoważniony jest Dyrektor Szpitala.
Dyrektora Szpitala zatrudnia Marszałek Województwa Kujawsko-Pomorskiego na podstawie powołania, umowy o pracę lub na podstawie umowy cywilnoprawnej.
Podstawa prawna: §12, §13 Statutu Wojewódzkiego Szpitala Dziecięcego w Bydgoszczy.
Dyrektor Wojewódzkiego Szpitala Dziecięcego im. J. Brudzińskiego
w Bydgoszczy
Powołany na stanowisko Dyrektora z dniem 3 kwietnia 1991 roku na mocy decyzji Wojewody Bydgoskiego nr Zd.II.114/109/91 z dnia 28 marca 1991 roku.
Dyrektor kieruje Szpitalem przy pomocy:
Zastępca Dyrektora ds. Finansowych -Główny Księgowy
Podstawa prawna: §14 Statutu Wojewódzkiego Szpitala Dziecięcego w Bydgoszczy.
